Lancé en 2014, le consortium international MetaSub¹ a pour objectif de cartographier les nombreuses populations microbiennes d’un drôle d’écosystème : le métro.

Les lignes de métro de plus d’une cinquantaine de mégalopoles telles que New York, São Paulo, Shanghai… et bientôt Paris, vont ainsi être échantillonnées et analysées par le biais de la métagénomique. La métagénomique (ou génomique environnementale) consiste à séquencer à haut débit l’ADN des microorganismes présents dans les échantillons prélevés. L'analyse des séquences ainsi obtenues permet de dresser un inventaire des espèces présentes par comparaison avec l’ADN des espèces microbiennes déjà connues, de recomposer le génome d’espèces jusqu’ici inconnues, et enfin de caractériser les fonctions métaboliques accomplies par la communauté bactérienne en analysant ses gènes.

La division parisienne du projet est administrée par Hugues Richard², enseignant-chercheur à l'UPMC, dans le Laboratoire de Biologie Quantitative et Computationnelle (LCQB, UMR 7238) de l’Institut de biologie Paris-Seine (IBPS). Pour le LCQB, ce projet présente un double intérêt : déterminer l’étendue de la biodiversité microbienne qui peuple le réseau souterrain parisien mais surtout développer et tester de nouvelles techniques d’analyse pour mieux connaître la biologie des micro-organismes qui seront identifiés. Les chercheurs vont en particulier utiliser une technique novatrice de haute précision pour l’annotation fonctionnelle des domaines protéiques, développée par Alessandra Carbone, directrice du LCQB, également impliquée dans le projet.

L’ensemble de ces données seront recoupées avec différents paramètres : taux d’humidité, qualité de l’air, affluence des voyageurs, influence saisonnière….

Le projet revêt également une forte dimension pédagogique : des étudiants de licence et de master de l’UPMC seront, à terme, impliqués dans le projet. Ils participeront à la collecte d’échantillons sur le terrain, à savoir le métro parisien, afin de les étudier, avec l’accord de la RATP.

Projet international impliquant plus de 50 villes dans le monde, MetaSub sera également l’occasion de comparer cette biodiversité urbaine à travers le monde.

Récemment publié dans CNRS Le Journal³, le sujet a été largement repris dans la presse^4,5,6. 

1. Le projet MetaSUB

2. Équipe Génomique Analytique

3. Les microbes du métro trahis par leurs gènes / Mapping the Subway’s Microbiome

4. Mon Quotidien : http://www.monquotidien.fr/infos/2016/09/29/france/les-microbes-du-metro-etudies-pendant-4-ans-a17575

5. France TV Info : http://www.francetvinfo.fr/sciences/les-microbes-du-metro-parisien-vont-bientot-livrer-leurs-secrets_1847999.html

6. L'Humanité Dimanche