L’Institut de biologie Paris-Seine s’est récemment doté d’une plateforme de bioinformatique. Nommée ARTbio¹, elle a été créée par Christophe Antoniewski²,qui en a pris la direction.

ARTbio s’appuie sur l’outil Galaxy, une plateforme ouverte et collaborative qui intègre un ensemble de logiciels d’analyses de données. Galaxy a été créé pour décrire et reproduire précisément les chaînes de traitements informatiques. Il permet aux chercheurs qui ont peu de connaissances en bioinformatique de les acquérir et de mener ainsi eux-mêmes leurs analyses. Une interface web permet de suivre pas à pas les étapes de l’analyse à réaliser et de tester facilement ses différents paramètres. Une communauté s’est formée autour du projet Galaxy, et ses membres enrichissent en permanence la plateforme des logiciels qu’ils ont développés ou qui ont été rendus publics.

Pour l’équipe de la plateforme, l’objectif est d’amener les chercheurs à réaliser leurs propres analyses, en rendant accessibles les outils dont ils ont besoin, en les aidant à choisir la meilleure stratégie et à identifier les paramètres les plus adaptés à leurs analyses.

Mais ARTbio souhaite être plus qu’une simple plateforme de service et continuer à développer de nouveaux logiciels et à participer à l’enrichissement du système Galaxy. L’équipe d’ARTbio développe ainsi actuellement un logiciel visant à analyser la présence de nouveaux virus à partir des expériences de séquençages d’ARN. Elle développe également un outil de virtualisation, qui permet à tout utilisateur d’exécuter ses propres codes sans quitter l’environnement Galaxy, ainsi que le logiciel "Galaxy-Kick-Start", qui permet de déployer rapidement des serveurs Galaxy personnalisés et adaptés à chaque projet d'analyse.

L’équipe est en train de se développer. En plus de son responsable, elle compte pour l’instant un post-doctorant, Marius Van Den Beek et deux stagiaires M2. Deux ingénieurs vont être recrutés en 2016 : l’un sur un poste Inserm ouvert à la mobilité, le second en CDD grâce à un financement de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB).

La plateforme ARTbio est équipée de deux serveurs de 96 et 128 GB de mémoire vive. Elle est associée aux infrastructures de type cloud de l’Institut Français de Bioinformatique, qui vient de lui allouer un financement pour recruter un ingénieur en CDD.Cette association permet à la plateforme d’augmenter sa puissance de calcul selon ses besoins. Plusieurs projets sont en cours ou déjà réalisés avec une dizaine d’équipes de l’IBPS et des projets ont été initiés avec des équipes de l’Institut Curie, de l’Institut Pasteur et de l’Institute of Molecular Biology à Mainz (Allemagne).

N’hésitez pas à contacter ARTbio pour lui soumettre vos projets, même encore imprécis, l’équipe vous aidera à les concrétiser.

1. http://artbio.fr

2. Par ailleurs co-responsable, avec Clément Carré, de l’équipe Génétique et épigénétique de la drosophile (UMR 7622).