Génétique et génomique des thaumarchées

La découverte en 2008 d'un nouveau phylum d’archées baptisé Thaumarchaeota a largement changé notre point de vue sur l’importance écologique des Archaea, domaine du vivant le moins étudié. 

En réalisant l’oxydation d’ammonium les Thaumarchaeota jouent un rôle primordial dans le cycle de l'azote sur Terre. Contrairement à deux autres phyla d’archées, plus adaptées aux écosystèmes extrêmes, les thaumarchées sont présentes dans presque tous les environnements terrestres et aquatiques sur Terre, ainsi que sur la peau humaine.

À ce jour très peu d’informations sur leur origine et évolution, l'organisation moléculaire de leurs cellules et sur le contenu de leurs génomes est disponible. C’est pourquoi il est urgent d’entamer des études plus systématiques et approfondies des représentants de ce nouveau phylum.

Pour ce faire, il est indispensable d'établir des modèles de laboratoire de thaumarchées, objectif majeur de notre équipe créée en Janvier 2014. Pour atteindre cet objectif, nous privilégions trois axes stratégiques complémentaires :

  • développement de nouveaux marqueurs moléculaires pour le criblage et l’identification de nouvelles lignées de thaumarchées dans des niches écologiques d'intérêt; 
  • séquençage et analyse in silico des génomes de candidats intéressant; 
  • établissement de modèles à croissance rapide, pouvant être utilisé au laboratoire pour des études moléculaires et physiologiques plus approfondies, aidant ainsi à combler le manque de connaissance actuel sur ce nouveau groupe des procaryotes à l’importance écologique majeur. 

Collaborations

  • Pr. Christa Schleper
    Vice-Head of Department Ecogenomics and Systems Biology, University of Vienna Austria?Archaea Biology and Ecogenomics Group Leader, Austria
  • Dr. Christine Moissl-Eichinger
    Institute for Microbiology, Regensburg University, Germany
  • Dr. David Prangishvili
    Institut Pasteur, Unité Biologie Moléculaire du Gène chez les Extrémophiles - Institut Pasteur
  • Pr. Patrick Forterre
    Institut Pasteur, Unité Biologie Moléculaire du Gène chez les Extrémophiles - Institut Pasteur
  • Pr. Olivier Gros
    UMR-CNRS-MNHN-UPMC 7138 Systématique-Adaptation-Evolution - Equipe « Biologie de la mangrove » -UFR des Sciences Exactes et Naturelles , Universite des Antilles et de la Guyane
  • Dr. Jean Baudry
    Laboratoire Colloïdes et Matériaux Divisés et CBI (UMR 8231) - Ecole Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles
  • Pr. Stéphane Le Crom - UMR7622 - Team High-Throughput Sequencing Data Analysis in Functional Genomics, Université Pierre et Marie Curie